Stefano Giannetti studierte Tanz an der Accademia Nazionale di Danza in Rom bei Yvette Chauviré und am Conservatoire national supérieur de musique et de danse de Paris, wo er 1982 den Prix du Conservatoire gewann.

John Neumeier engagierte ihn 1983 an das Hamburg Ballett, wo auch erste eigene Choreographien entstanden. Nach verschiedenen Stationen u.a. beim English National Ballet in London und als erster Solist beim Zürcher Ballett arbeitete er ab 1990 am Ballett der Deutschen Oper Berlin, wo zahlreiche eigene Choreographien entstanden. Zudem war er als Gastchoreograph u. a. in Miami, Rom, Oslo, Zürich und Dresden engagiert. Von 1999 bis 2000 war er Ballettdirektor am Northern Ballet Theatre, England. 2004 gründete er das Tanzzentrum „uomo danza“ in Berlin. Von 2006 bis 2015 war er Ballettdirektor und Chefchoreograph am Pfalztheater Kaiserslautern.