Marie Jacquot absolvierte ihr Dirigierstudium in Wien, bei Nicolas Pasquet in Weimar sowie in diversen Meisterkursen u. a. bei Sir Simon Rattle, Fabio Luisi und Zubin Mehta.

Sie gastierte bei Orchestern wie dem Wiener Kammerorchester, den Münchner Symphonikern, dem Recreation-Orchester Graz, dem Staatsorchester Darmstadt, der Rheinischen Philharmonie Koblenz, beim mdr Musiksommer, beim Deutschen Symphonie-Orchester Berlin, beim Gürzenich-Orchester Köln, beim Rhode Island Philharmonic Orchestra und beim Orchestre de Chambre de Lausanne.

An der Staatsoper Stuttgart dirigierte sie Cherubinis MEDEA. Seit ihrer Assistenz bei Generalmusikdirektor Kirill Petrenko für die Uraufführung von SOUTH POLE von Miroslav Srnka verbindet sie eine enge Zusammenarbeit mit der Bayerischen Staatsoper München. Von 2016 bis 2019 war Marie Jacquot Erste Kapellmeisterin und Stellvertreterin des Generalmusikdirektors am Mainfranken Theater Würzburg und leitete dort u. a. NABUCCO, DIE CSÁRDÁSFÜRSTIN, IL BARBIERE DI SIVIGLIA, IDOMENEO, LES HUGUENOTS, DIE ENTFÜHRUNG AUS DEM SERAIL, DIE LUSTIGEN WEIBER VON WINDSOR und HERZOG BLAUBARTS BURG.

Ab der Spielzeit 2019/20 ist Marie Jacquot Kapellmeisterin an der Deutschen Oper am Rhein. Dort dirigiert sie SAMSON ET DALILA, ROMÉO ET JULIETTE, HÄNSEL UND GRETEL, PETRUSCHKA / L’ENFANT ET LES SORTILÈGES sowie LA TRAVIATA und FALSTAFF. Im März 2020 leitet sie an der Opéra national du Rhin Strasbourg die Uraufführung von Thierry Pécous Oper UNTIL DE LIONS, im April 2020 folgt an der Opera Vlaanderen Mozarts COSÌ FAN TUTTE in der Inszenierung von Anne Teresa de Keersmaeker.