Stefan Klingele, der an der Musikhochschule Würzburg Dirigieren und Cello studierte, begann seine Laufbahn als Repetitor am Nationaltheater Mannheim. Anschließend wechselte er als Dirigent an das Staatstheater am Gärtnerplatz München und 1999 als Erster Kapellmeister an das Theater Bremen, wo er 2006 den Kurt-Hübner-Preis erhielt. In der Spielzeit 2006/07 wurde das Theater Bremen mit dem 1967 in Ingolstadt Geborenen als Interims-Chefdirigent von der Zeitschrift „Opernwelt“ zum Opernhaus des Jahres gewählt.

Daneben gastierte der Preisträger des Bayerischen Förderpreises (1999) bei vielen Theatern und Orchestern, darunter regelmäßig an den Opernhäusern Stockholm, Dresden, Frankfurt, Stuttgart, der Deutschen Oper am Rhein, Wiener Volksoper und der Komischen Oper Berlin. An der Staatsoper Hannover wurde Luigi Nonos INTOLLERANZA 1960 (Regie: Benedikt von Peter) unter seiner Leitung auch wegen der Orchesteraufstellung über sechs Ebenen und dem damit verbundenen Klangerlebnis vom Deutschen Bühnenverein mit einem FAUST-Preis als beste Musiktheaterproduktion der Spielzeit 2010/11 ausgezeichnet. Die Serie „Feuersnot“ der Dresdner Musikfestspiele 2014 war bei den Opera Awards London als beste Richard-Strauss-Jubiläumsvorstellung nominiert. Nach sieben Jahren als Musikdirektor und Chefdirigent der Musikalischen Komödie in Leipzig wechselte Stefan Klingele im Sommer 2022 in gleicher Position an das Theater Bremen.