Nike Wagner ist in Bayreuth aufgewachsen und die Tochter von Wieland Wagner und Urenkelin Richard und Cosima Wagners. Sie studierte Musik-, Theater- und Literaturwissenschaft in Berlin, Chicago, Paris und Wien und promovierte über Karl Kraus und die Erotik der Wiener Moderne (Suhrkamp 1981).

Seit 1975 arbeitet Nike Wagner als freiberufliche Kulturwissenschaftlerin und wirkt an internationalen Symposien und Kolloquien mit. Als Autorin wurde sie bekannt durch ihre Arbeiten zur Kultur- und Geistesgeschichte der europäischen Jahrhundertwende, als Kritikerin und Essayistin durch ihre Auseinandersetzung mit Richard Wagner und Bayreuth. Wagners Werk im Kontext der deutschen Zeitgeschichte sowie die Verflechtung von Familien-, Werk- und Kulturgeschichte sind Thema ihrer Publikationen „Wagnertheater“ (1982) und „Traumtheater“ (2001).

Zwischen 1985 und 1987 war Nike Wagner Fellow des Wissenschaftskollegs zu Berlin, 1999 wurde sie Mitglied der Deutschen Akademie für Sprache und Dichtung. Ab 2003 gehörte sie zu den Sachverständigen der Enquête-Kommission „Kultur in Deutschland“ des Deutschen Bundestages und 2012 wurde sie mit der Honorarprofessur der Pädagogischen Hochschule Heidelberg geehrt.

Von 2004 bis 2013 war Nike Wagner die künstlerische Leiterin des Kunstfestes Weimar „Pèlerinages“. Für eine Dramaturgie, die im Zusammenspiel von Musik, Tanz, Bild und Wort künstlerische Maßstäbe gesetzt hat, erhielt sie im November 2013 den Thüringer Verdienstorden.

Von 2014 bis 2019 war sie Intendantin und Geschäftsführerin des Beethovenfestes Bonn.