Chaya Czernowin wurde am 7. Dezember 1957 in Haifa geboren und wuchs in Israel auf. Nach dem Kompositionsstudium bei Abel Ehrlich und Izhak Sadai an der Rubin Academy of Music in Tel Aviv verließ sie Israel im Alter von 25 Jahren und zog nach Berlin, wo ihr ein DAAD-Stipendium ein Studium bei Dieter Schnebel ermöglichte. 1986 zog sie in die USA und studierte mit Eli Yarden und Joan Tower am Bard College. Daraufhin promovierte sie an der University of California San Diego, wo sie bei Roger Reynolds (Doktorvater) und Brian Ferneyhough studierte. Es folgte eine Phase des Reisens und Komponierens, in der Czernowin Stipendien in Japan (1993-95, Asahi-Shimbun-Stipendium, NEA-Stipendium) und Deutschland (1996, Akademie Schloss Solitude) hatte. Dieser Lebensabschnitt erlaubte es ihr, sich ganz der Entwicklung ihrer musikalischen Sprache zu widmen.

Für Czernowin ist Unterrichten ein wichtiger Prozess, um sich fortwährend als Komponistin weiterzuentwickeln. Als Dozentin für Komposition lehrte sie von 1997 bis 2006 an der University of California San Diego und von 2006 bis 2009 an der Universität für Musik und darstellende Kunst Wien. 2009 wurde sie auf die Walter-Bigelow-Rosen-Professur an der Harvard University berufen. Sie war als Gastdozentin an verschiedenen Institutionen tätig und unterrichtet seit 1990 bei den Internationalen Ferienkursen für Neue Musik in Darmstadt. Zusammen mit Kollegen hat Czernowin auch zwei Kurse für junge Komponisten gegründet: an der Akademie Schloss Solitude nahe Stuttgart (mit Jean Baptiste Joly und ihrem Ehemann, dem Komponisten Steven Takasugi) und beim Festival Tzlil Meudcan in Israel (mit Yaron Deutsch).

Czernowins Werke umfassen Kammer- und Orchesterstücke, teils mit elektronischen Elementen, und wurden bei den bedeutendsten Festivals für zeitgenössische Musik in Europa, Japan, Korea, Australien, den USA und Kanada aufgeführt. Sie hat zwei Bühnenwerke komponiert, PNIMA... INS INNERE (2000), ein Auftragswerk für die Münchener Biennale, das von der Zeitschrift Opernwelt als „Uraufführung des Jahres“ gekürt und mit dem Bayerischen Theaterpreis ausgezeichnet wurde, und ADAMA (2004-05), ein Auftragswerk der Salzburger Festspiele. In beiden Opern geht es um politische Inhalte. PNIMA handelt von der Weitergabe traumatischer Erlebnisse, die als wichtiger Teil der Gegenwart echtes Engagement verlangen, anstatt in gekünstelte, starre Denkmäler verwandelt zu werden. Ihre zweite Oper ADAMA, die anlässlich des 250. Geburtstages von Mozart als Gegenstück zu dessen ZAÏDE in Auftrag gegeben wurde und eng damit verflochten ist, zeigt, wie eine politische Situation auf ein Individuum wirkt und diesem beim Versuch zu entkommen die Selbstbestimmung raubt.

So wie sich ihre Opern gegen politische Erwartungen auflehnen, geht auch Czernowins Kammermusik über bekannte und akzeptierte Normen hinaus. Ihre Stücke der 1990er erforschen die Möglichkeiten zeitlicher und formaler Abweichungen: In „Afatsim“ (1996) und „String Quartet“ (1995) entwickelt sie ein Spiel mit instrumentaler Identität und schafft „Meta-Instrumente“, indem mehrere Instrumente kombiniert eine eigene Identität erhalten und später wieder auseinander genommen werden. So wechselt auch das Ensemble immer wieder im Laufe des Stückes die Identität. Der Aufbau des Werks wird dabei durch Zerschneiden und Verschieben von Teilen des Verlaufs immer weiter fragmentiert. Dagegen nutzt die Wintersongs-Reihe immer wieder das gleiche Septett-Material, interpretiert dieses aber fünf Mal auf unterschiedliche Weise und bietet so jeweils ein komplett anderes musikalisches Erlebnis.

Ihre Stücke des frühen 21. Jahrhunderts, darunter „Maim“ (2001-07) für großes Orchester, Solisten und elektronische Klänge eines Experimentalstudios, erforschen die Körperlichkeit und Beweglichkeit von musikalischem Material. Diese Werke werfen Fragen über eine mystische und unbekannte „Physik“ auf, die mit unseren Erwartungen spielt. Im Stück HIDDEN (2013-14) für Streichquartett und Elektronik findet die Erforschung von Raum und Form auf der einen und von musikalischem Material, seiner Natur und Körperlichkeit auf der anderen Seite neuen Ausdruck. Hier wird eine verlangsamte Wahrnehmung von Zeit an verzerrte Spiegelungen des Materials gekoppelt, wodurch ein Blick auf eine andersartige Welt entsteht.

Czernowins Werk ist eine bedeutsame und einzigartige Stimme in der Musik der Gegenwart. Sie hat eine Vielzahl an Auszeichnungen für ihre Kompositionen erhalten, darunter den Kranichsteiner Musikpreis (1992), den Asahi-Shimbun-Stipendiumspreis (1993), ein Stipendium des Schlosses Solitude (1996), das IRCAM Reading Panel (1998), den Komponistenförderpreis der Ernst von Siemens Musikstiftung (2003), den Rockefeller Foundation Prize (2004), den Fromm Foundation Award (2008), eine Nominierung des Berliner Wissenschaftskollegs (2008), ein Guggenheim Fellowship Award (2011) und den Heidelberger Künstlerinnenpreis (2016). Sie war Composer in Residence der Salzburger Festspiele 2005/06 und des Luzern Festivals 2013.