1964 hatte sich das Radio-Symphonie-Orchester Berlin (heute Deutsches Symphonie-Orchester Berlin) bereits für den 34-jährigen Lorin Maazel als Chefdirigenten entschieden, der die Nachfolge des im Vorjahr verstorbenen Ferenc Fricsay antreten sollte, da bot ihm der Senat von Berlin einen Doppelvertrag – wie ihn einst auch Fricsay hatte – als musikalischer Leiter sowohl beim Rundfunk als auch an der Deutschen Oper Berlin an. Als Generalmusikdirektor der Deutschen Oper Berlin füllte er eine Lücke, die bereits über zehn Jahre klaffte, seit nämlich Fricsay 1952 diese Funktion aufgegeben hatte, suchte das Haus nach einem Nachfolger. Eine Zeit lang sah es so aus, als würde dieser dem neuen Haus in der Bismarckstraße wieder vorstehen, doch die schon fortgeschrittene Krankheit erlaubte es nicht.

Entsprechend hoch waren die Erwartungen, die in den jungen Lorin Maazel gesetzt wurden – und er enttäuschte sie nicht. Er trat seinen Dienst mit einer Neuproduktion von LA TRAVIATA in italienischer Sprache an, was keine Selbstverständlichkeit war, DON GIOVANNI, EIN MASKENBALL, DON CARLOS und LA BOHEME etwa wurden noch in deutscher Sprache gesungen, lediglich COSI FAN TUTTE und seit kurzem auch RIGOLETTO wurden in der Originalsprache aufgeführt. Zwei weitere Premieren dirigierte er in kurzer Folge, die ein weit gespanntes Repertoire-Interesse erkennen ließen: DIE HEIMLICHE EHE von Domenico Cimarosa (diese Komödie allerdings aus Gründen der Verständlichkeit in deutscher Sprache) und DER FLIEGENDE HOLLÄNDER. In der gleichen Spielzeit übernahm er auch das Dirigat von FIDELIO und TRISTAN UND ISOLDE. Am 21. Mai 1966 sang Birgit Nilsson als Gast die Isolde; das Publikum blieb 40 Minuten nach der Vorstellung im Saal und bescherte den Solisten und dem Dirigenten 56 Vorhänge. LA TRAVIATA wurde für die Schallplatte aufgenommen und ist heute als CD verfügbar, DIE HEIMLICHE EHE ist vom ZDF aufgezeichnet worden und liegt heute als DVD in der von Arthaus Musik und der Deutschen Oper Berlin Reihe „Deutsche Oper Berlin 100 Jahre 1912–2012“ vor.

Auch in den folgenden drei Spielzeiten dirigierte er jeweils drei Neuproduktionen. Erst in der letzten vor seinem überraschenden Rückzug waren es nur zwei, sodass er in seiner Amtszeit auf nicht weniger als 14 Premieren kam. 1967 studierte er innerhalb von neun Monaten den gesamten RING DES NIBELUNGEN ein, die Inszenierung stammte vom Generalintendanten Gustav Rudolf Sellner, die Ausstattung entwarf der österreichische Bildhauer Fritz Wotruba, der die Entwürfe von Adolphe Appia und Edward Gordon Craig konsequent weiterführte.

Auch eine Uraufführung dirigierte er, ODYSSEUS von Luigi Dallapiccola, und die älteste Produktion im heutigen Repertoire der Deutschen Oper Berlin, TOSCA, lag am 13. April 1969 in seinen Händen.

Drei Neuproduktionen betreute Lorin Maazel nach seiner Amtszeit als Generalmusikdirektor noch an der Deutschen Oper Berlin, zwei davon mit Ernst Schröder als Regisseur, eine mit Rudolf Noelte. Schröders Inszenierung der ELEKTRA war für lange Zeit die einzige Produktion dieser Strauss-Hofmannsthal-Oper, die hell leuchtete und den Hinterhof des Atridenpalastes nicht in düsteres Schwarz in Schwarz setzte. Dazu passte, dass Maazel – wie Strauss es gefordert hatte, aber selten realisiert sah – nach übereinstimmender Meinung der Kritiker dem Orchester „Elfenmusik“ entlockte. Die Noelte-Inszenierung DON GIOVANNI blieb wie ELEKTRA 30 Jahre im Repertoire und wenn auch in späteren Jahren viele sehr unterschiedliche Dirigenten den Stab führten, blieb die Erinnerung an die musikalische Einstudierung Maazels wach. Eine Rundfunk-Dokumentation seiner letzten Einstudierung an der Deutschen Oper Berlin, EIN MASKENBALL (besser UN BALLO IN MASCHERA, denn nun wurde die Oper in der Originalsprache herausgebracht) wurde in ganz Europa verbreitet und machte seine penible und doch lockere Arbeitsweise vielen Musikern wie Laien bekannt.

Generalmusikdirektor Donald Runnicles wurde von Lorin Maazel eingeladen, an seiner Stelle beim Castleton Festival in Virginia ein Mozart-Programm zu dirigieren. Bei dieser Gelegenheit lernte er den bereits schwer kranken aber immer noch hellwachen Grandseigneur der Musik persönlich kennen. Donald Runnicles sagt dazu: „Bereits seit der Kindheit begleiteten mich die Interpretationen dieses Dirigenten. Besonders die unglaublichen Aufführungen der Mahler-Sinfonien mit den Wiener Philharmonikern haben mich tief beeindruckt. Er dirigierte alles auswendig und besaß eine einmalige Schlagtechnik. Ich konnte damals nicht ahnen, dass ich einmal einer seiner Nachfolger werden würde. Mit seinem Tod haben wir von einem Giganten der Musik Abschied nehmen müssen.“