Kurz bevor Florestan die verbrecherischen Machenschaften des Gouverneurs Don Pizarro aufdecken konnte, ließ ihn dieser entführen und widerrechtlich inhaftieren. Leonore, Florestans Frau, sucht seitdem ihren als verschollen geltenden Mann. Sie schleust sich incognito in ein Staatsgefängnis ein und lässt sich von Rocco, dem Kerkermeister, unter dem Namen Fidelio als Gehilfe einstellen. Roccos Tochter Marzelline hat sich in Fidelio verliebt.

Erster Aufzug

Jaquino bedrängt Marzelline, seinen Heiratsantrag anzunehmen. Marzelline weist ihn zurück, sie wünscht sich eine Zukunft mit Fidelio. Rocco schätzt Fidelio und stimmt einer Hochzeit mit seiner Tochter zu; Jaquino stößt er von sich. Leonore nutzt das Vertrauen zu Rocco und bittet darum, ihn in ein Kellerverließ begleiten zu dürfen, in dem sie Florestan vermutet. Rocco verspricht ihr, Pizarro um Erlaubnis dafür zu fragen. Pizarro erfährt aus einem Brief, dass der Minister Don Fernando das Gefängnis einer Inspektion unterziehen will; er habe vernommen, dass sich dort Opfer willkürlicher Gewalt befinden. Pizarro will verhindern, dass Florestan entdeckt wird und fordert Rocco auf, ihn noch vor der Ankunft des Ministers zu töten. Rocco weist Pizarros Befehl zurück, willigt aber ein, das Grab für Florestan in der Zisterne auszuheben. Leonore, die das Gespräch der beiden heimlich verfolgt hat, schöpft neuen Mut und erwirkt den kurzzeitigen Freigang der Gefangenen der oberen Zellen. Währenddessen hat Rocco die Erlaubnis für die Heirat und Fidelios Mithilfe in den tiefer liegenden Gewölben eingeholt. Pizarro ist wütend über den nicht abgesprochenen Freigang der Häftlinge. Er mahnt Rocco zur Eile, seine Mission in den unter[1]irdischen Gewölben auszuführen.

Zweiter Aufzug

Florestan fristet sein Dasein im Kerker, dem Tode nah. In einer hoffnungsvollen Vision erscheint ihm seine Frau Leonore als rettender Engel. Leonore und Rocco steigen in den Kerker hinab und heben das Grab aus. Leonore drängt Rocco dazu, dem Gefangenen zu Essen und zu Trinken zu geben; erst nachdem Florestan erwacht ist, erkennt sie ihn. Pizarro kommt in den Kerker, um Florestan zu töten. Im letzten Moment wirft sich Leonore dazwischen und gibt sich als Florestans Frau zu erkennen. Ein Trompetensignal verkündet die Ankunft des Ministers Don Fernando. Unter Anwesenheit der Bevölkerung spricht sich der Minister im Namen des Königs gegen tyrannische Unterdrückung und politische Willkür aus. In dem Gefangenen erkennt er seinen totgeglaubten Freund Florestan. Rocco informiert den Minister über Pizarros eigenmächtiges Handeln und über Leonores Mission. Pizarro wird abgeführt, Marzelline ist entsetzt über die Täuschung, die sie durch Leonore erfahren hat. Florestan wird befreit, Leonores Taten werden besungen.