Geboren in Oberösterreich, studierte Ernst Theis in Wien an der Hochschule für Musik und Darstellende Kunst (heute Universität für Musik und Darstellende Kunst Wien). Seine Anfänge als Dirigent liegen bei den Österreichischen Kammersymphonikern, als deren künstlerischer Leiter und Geschäftsführer er sich von 1991 bis2003 intensiv mit Musik der Klassischen Moderne, Zeitgenössischer Musik und später auch mit der Wiener Klassik beschäftigte. In dieser Zeit entstanden zwei CD-Reihen, eine vierteilige bei cantate-musicaphon, die sich mit Werken von Arthur Honegger, Darius Milhaud, Bohuslav Martinu und Erwin Schulhoff zentral der Klassischen Moderne widmete, später spielte er die noch immer weltweit einzige Gesamteinspielung aller Klavierkonzerte von Joseph Haydn für das Label ARTS MUSIC ein. Im Verlauf seiner Tätigkeit bei diesem Orchester, mit welchem er über viele Jahre einen Zyklus im Wiener Konzerthaus bestritt und auch auf diversen Festivals auftrat, kam es zu einem Einspringer an der Wiener Volksoper, die ihn in der Folge für fast vier Jahre als Kapellmeister an das Haus band.

Seine Karriere führte in danach zu vielen Orchestern im In- und Ausland wie den St. Petersburger Philharmonikern, dem MDR Symphonieorchester Leipzig, der Staatsphilharmonie Rheinland Pfalz, dem ORF Radiosymphonieorchester Wien, dem Münchner Rundfunkorchester, der NDR Radiophilharmonie Hannover, der Deutschen Radiophilharmonie Saarbrücken/Kaiserlautern, dem Brucknerorchester Linz, der Slowakische Philharmonie, den Bochumer Symphonikern, dem Shenzhen Symphony Orchestra (China) u.a.m. In diesem Zusammenhängen erschloss er sich das große Konzertrepertoire, aber auch Werke der Klassischen Moderne und der Zeitgenössischen Musik.

Von 2003 bis 2013 nahm er die Position des Chefdirigenten der damals zunächst krisenbehafteten Staatsoperette Dresden ein. Seine ausgesprochen konzeptionell visionäre Herangehensweise an die künstlerische Arbeit eröffnete diesem Theater den Tonträgermarkt. Mit seinem Ensemble erarbeitete seit 2005 insgesamt acht Doppel-CDs mit Werken von Franz Schreker, Ernst Toch, Kurt Weill, Paul Hindemith, Pavel Haas u.a.m. (RadioMusiken Volume I und Volume II) aber auch international vielbeachtete Einspielungen von Operetten von Johann Strauss (Das Spitzentuch der Königin, Der Carneval in Rom, Prinz Methusalem) für das deutsche Label CPO.

Die vielbeachtete künstlerische Entwicklung seines Dresdner Ensembles zog Engagements in renommierte Konzertsäle wie die Kölner Philharmonie, die Hamburger Laeisz-Halle oder das Brucknerhaus Linz nach sich und führte wiederholt zu Einladungen zu renommierten Festivals wie dem Kurt Weill Fest Dessau. Mit seinen profilbildenden konzeptionellen Linien im Bereich Oper, Operette und Musical entwickelte er sein Ensemble schließlich vom potenziellen Schließungskandidaten Staatsoperette Dresden 2003 zum Theater-Neubauanwärter. 2011 erfolgte der politische Beschluss für einen Theater-Neubau.

Er gastiert regelmäßig international als Dirigent, bleibt aber auch aufgebauten Konzeptlinien wie dem Projekt RadioMusiken treu, das er langjährig mit der Akademie der Künste Berlin, Deutschlandradio, dem Mitteldeutschen Rundfunk und dem deutschen CD-Label CPO als Tonträgerprojekt erarbeitet.

Jüngste, noch nicht veröffentlichte Tonträger spielte er mit dem Münchner Rundfunkorchester und dem ORF Radiosymphonieorchester Wien ein.

2018 hat Maestro Ernst Theis die neue Gesamteinspielung der Operette „Gräfin Mariza (Emmerich Kálmán“) für den Bayerischen Rundfunk eingespielt. Heute arbeitet Ernst Theis in einer künstlerischen Bandbreite, die von der frühen Wiener Klassik bis in die Avantgarde reicht, erfolgreich mit vielen Orchestern auf verschiedenen Kontinenten zusammen. Seit 2016 ist er hinzukommend Intendant des Festivals KLANGBADHALL.